Le LIRA est dirigé par une équipe de direction constituée depuis janvier 2025 de :
- Milan Maksimovic, directeur ;
- Paola Di Matteo, directrice adjointe ;
- Alain Doressoundiram, directeur adjoint ;
- Thibaut Paumard, directeur adjoint ;
- Jean-Michel Krieg, directeur technique ;
- Florence Henry, directrice technique adjointe ;
- Arnaud Pès, responsable administratif du laboratoire
- Laurent Tardieux, responsable administratif adjoint.

L’équipe de direction du LIRA
De gauche à droite : Thibaut Paumard, Jean-Michel Krieg, Paola di Matteo, Florence Henry, Alain Doressoundiram, Milan Maksimovic, Kevin Belkacem, Arnaud Pès
Sylvain Cnudde
La coordination des équipes et le dialogue avec la direction du laboratoire est assurée via une organisation des personnels en pôles.
On compte ainsi 5 pôles scientifiques :
- Étoiles et galaxies (co-responsables : François Hammer et Jordan Philidet) ;
- Haute résolution angulaire en astrophysique (HRAA) (co-responsables : Elsa Huby et Mathias Nowak) ;
- Héliosphère et plasmas astrophysiques (HPA) (co-responsables : Léa Griton et Arnaud Zaslavsky) ;
- Planétologie (co-responsables : Nicolas Biver et François Dulieu) ;
- Systèmes exoplanétaires (co-responsables : Benjamin Charnay et Johan Mazoyer) ;
ainsi que les pôles :
- Technique (directeur technique : Jean-Michel Krieg, directrice technique adjointe : Florence Henry) ;
- Secrétariat général (responsable : Arnaud Pès).
Il existe ainsi une structure de direction élargie regroupant la direction du laboratoire et les coordinateurs de pôles et permettant d’assurer un pilotage concerté du laboratoire.